973计划重大项目“家蚕主要经济性状功能基团组与分子改良研究”完成了家蚕基因组框架图和精细图，其部分成果在《Science》上发表，引起了国内外同行的高度重视；“调控内胚层组织器官发育的分子机制研究”形成了一支由归国年青杰出学者为主要力量的研究团队；近三年全校各类科研项目2800项，研究经费3.5亿元，发表学术论文6000多篇，申请专利150多项，获省部级以上奖励85项，西南大学科研大会上展示的这一系列数字和成果，充分表明学校重视和加强基础研究，带动了全校科研整体水平的提高。
8月31日，合并后的西南大学召开了第一次科研大会，教育部科技司、科技部基础司、重庆科委等有关领导到会。会议总结科研工作发展的成绩和经验，分析学校科研工作的形势和任务，研究进一步推动大学科研发展的新的管理机制和运行机制。会议之前，学校还出台了十四项促进和规范学校科研发展的规章制度和办法，涉及项目管理、成果奖励、人才引进、实验室建设、经费管理等方面。
在科研大会上，学校已经明确把重点实验室建设，争取重大科研项目，杰出人才培养作为今后一段时间的重点任务，要进一步调动广大教师科学研究的积极性，推动全校科研工作迈上新台阶。会议还表彰了西南大学一批优秀研究团队和优秀研究人员。
