2009年普通高校本科一批一志愿录取工作结束后，7月14日，本科一批二志愿投档，共投出4002人，投出院校文科34所，564人；理科35所，投出3438人。
本科二志愿投档原则是，将一志愿未被录取的考生，按照考生志愿顺序，由高分到低分，依次投入一志愿生源不满的院校。投档比例1：1。
今年考生志愿命中率明显好于以往，二志愿投出后，本科一批只有245个文科计划、1110个理科计划等待调剂，分别占计划总数的 2.91%和2.86%。
等待调剂的本科一批院校文、理各两所。
为了在招生工作中更好地体现以人为本，缓解部分相对分数比较高的考生，由于填报志愿失误造成的不能进入较理想院校的情况。今年，有几所院校增加计划接收一些高分考生。具体是：哈尔滨工程大学增加计划招收理科630分以上的考生，录了12人； 江南大学文科增加5名计划，招收613分以上的考生，理科增加8名计划招收600以上的考生，结果分别在616分和632分就录满；山东大学增加计划录取文科646分的考生1人，理科660以上的考生6人；山东大学威海分校增加计划，录取文科618分以上的 40人，理科627以上的60人。
7月15日，本科一批开始调剂，16日本科一批录取结束。
