根据2008年教育部有关规定，北京大学、清华大学等68所高校（其中省内高校有南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京农业大学、中国矿业大学、中国药科大学、江南大学、南京邮电学院共10所）在全国范围内实行自主选拔录取。高校自主选拔录取人数原则上不超过该校年度本科招生计划总数的5％（但教育部规定，只要高校生源多、质量好，自主招生将不受现有规定比例限制）。自主选拔录取只招收应届生。自主选拔录取安排在本科第一批之前进行。
申请自主招生考生可按照院校规定，由中学、专家推荐，或考生本人自荐经所在中学向试点高校提供或确认推荐考生材料。2009年1月1日后，院校考核、选拔；入选考生与院校签订自主选拔录取协议。入选考生将填写《江苏省2009年普通高校招生自主选拔录取考生志愿表》，且只能填报与其签订协议的一所院校。2009年3月31日前，院校将入选考生信息数据上报教育部“阳光高考”平台并将志愿表报送江苏省教育考试院，经审核后，予以集中公示。
江苏省教育考试院对高考总分达到本科第一批省控线、学业水平测试必修科目均达到C级及以上等级（技术科目须合格）、选修科目等级达到省及院校的相关规定,将在本一批次批量投档前，先行向有关高校投档，由高校根据原定录取标准，择优录取。未被录取的考生，院校将及时办理退档手续，以便其参加本一批次平行志愿的检索。
