北京协和医学院本科招生共设有两个专业：临床医学专业（八年制）和护理专业。其中临床医学专业纳入清华大学招生，前两年半预科阶段在清华学习，后五年半在协和本部学习。2010年在京招收15名理科生，考生在填报志愿时应填报清华大学临床医学专业，并可同时填报清华大学其他专业。
报考护理专业的考生应填报北京协和医学院，护理本科计划在京招收25名理科高中毕业生。护理专科全部走读，计划在京招生80人，可招收文、理科高中毕业生（其中文科20人，理科60人）。护理专科按照高会统招的形式录取，会考要求物理、化学成绩合格，高考的科目为语文、数学、英语，录取时按照三科总成绩排队。成绩优秀的专科学生有机会在第五学期末升本。
