升本是民办高校发展的路径之一，也是多年努力争取的结果。但升本在带来发展机遇的同时，也带来了更多的挑战。
挑战之一：原有办学理念会受到冲击
冲击体现在三方面：一是人才培养目标的改变。在专科层次，对学生的知识结构主要是以理论够用，以实践能力为中心培养技术型、职业型人才。升本后，要求学生的理论基础更加深厚。二是人才培养模式的变更。专科层次的民办高校主要采用“三明治”的方式培养学生的动手实践能力。升本后，学制则延长为四年。三是评估。现有评估指标体系并没有采取分类评估的措施。升本后，民办高校不得不根据这些评估指标来重新调整和设计学校发展的对策思路。因此，由于在培养目标、培养模式等方面与本科有区别，基于专科层次的办学理念在发生改变之际，必然面对强烈的冲击。
挑战之二：办学成本加大带来资金短缺
对多数民办高校来说，办学经费来源的单一现状并没有改变。民办高校要升本，必须要满足国家院校设置的有关硬、软件指标。从硬件指标看，主要包括专职教师、校舍建筑面积、教学仪器设备、图书馆图书、在校生总数、专科毕业生届数等。对于原本基础较薄弱的民办高校而言，争取达到这些标准不是件容易的事情。
另一方面，民办高校每年的招生成本却在不断增加。如果在招生方面再加上教师队伍建设方面的投入，则需要更多的资金。同时，逐利的本性迫使投资商急于在短期内收回成本，这种现状难以保证升本后民办高校有充足的资金来谋求发展。
挑战之三：面临办学特色逐渐淡化倾向
强调在同类院校间进行错位竞争、办学要有特色，是民办高校快速发展并逐步壮大的策略。但是升本后，这些特色将面临逐步被淡化的可能。一方面是由于原有本科院校间多年错位竞争后所形成的格局基本成型，升本后的院校很难在其中寻找进一步发展的空间。在众多的公办同类院校中，民办高校原有的特色会因为实力不强而被淡化，难以对前者构成挑战，更谈不上产生竞争态势。另一方面，由于升本对民办高校而言是一次全方位的、整体式的改革，会对学校方方面面带来强大的冲击。有些民办高校升本后，由于“从众”的原因，而落入传统本科院校的发展模式，由原来的“鸡头”变成了升本后的“凤尾”，这种现象较普遍。
上述分析说明这样一个事实：那种以为升本后，在专科阶段遇到的问题、困难都会迎刃而解的想法，是一种认识上的误区。
因此，笔者认为，民办高校升本之后，应坚持走内涵发展的特色强校之路。
正确对待公益性与营利性的两难选择
民办高校难以健康发展，部分是由于投资者与管理者在教育公益性认识上存在较大的偏差。国外的私立大学多以财团为法人，是在公益性基础上发展起来的。而国内的民办高校投资者办学多为个人行为，而且更多地是从教育产业的角度来看待民办高教的发展，从而导致在运作初期将营利性放在首位。这使民办高等教育进入一个两难选择境地：不吸引投资，缺乏发展动力；吸引投资，其公益性势必减弱。公益性和营利性孰轻孰重，自然需要民办高校作出正确的抉择，也是其发展路径的最终选择。
妥善处理专业重复设置现象，继续突现错位优势
国外一些私立大学之所以闻名，主要是因为某一学科占据国际领先地位才确立了优势，斯坦福大学部分是由于其在物理学领域多次获得诺贝尔奖而出名。这些院校发展的模式，给我国民办高校的重要启示就是注重内涵建设，特别是专业建设，强调专业建设首先要避免专业重复设置。在有些民办高校里，一些热门的专业你开我也开，一哄而上反倒没了市场。
切实解决生源“一低两高”难题
目前民办高校的生源主要有三大问题：一是质量低；二是招生成本高；三是流失率高。有些院校纳入国家计划之内的招生任务尚且难以完成。因此，生源的数量和质量问题仍是民办高校发展中必须关注的关键问题。
此外，民办高校升本后，对师资队伍建设，校内不同办学层次类型并存，与企业界的联系，毕业生就业等问题也需要有个清醒的认识，并认真加以解决。
