南京中医药大学始建于1954年10月，是全国建校最早的高等中医药院校之一，曾为新中国中医药高等教育编写了第一套教材，培养了第一批师资，是新中国最早的中医药学部委员(院士)的诞生地，为新中国中医药高等教育模式的确立和推广作出了重要贡献。
南京中医药大学现为江苏省重点高等学校，世界卫生组织传统医学合作中心，卫生部全国中医师资进修教育基地、国际针灸培训中心，国家药品监督管理局临床药理基地，是国家首批确定的接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高校之一，具有博士生导师自审权和主要学科专业的教授评审权。同时学校还是江苏省文明单位和江苏省首批高校校风建设优秀单位。
南京中医药大学目前设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、翰林学院、成人教育学院、国际教育学院(港澳台培训中心)11个教学实体，有中医学、中西医结合、针灸推拿学3个7年制学、硕士连读专业，13个本科专业、近30个专业方向，有中医学、中药学2个博士后科研流动站，15个博士点、17个硕士点(博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科)。目前学校全日制在校学生6000余人，其中博士生、硕士生600余人，留学生近500人。
南京中医药大学师资力量雄厚，目前学校(包括直属附属医院)共有教授、研究员、主任医药师146人，副教授、副研究员、副主任医药师384人，讲师、助理研究员、主治医师、主管药师710人，享受政府特殊津贴专家68人。他们当中有一批在国内外享有较高声誉的知名专家、教授和学科带头人，同时一大批中青年骨干教师也都在各自的学科中崭露头角。
南京中医药大学有较强的科研实力，是江苏省海洋药物研究开发中心、植物药深加工工程研究中心的挂靠单位。学校目前拥有3个国家级重点学科，7个部局级重点学科建设单位，3个省级重点学科，1个国家科技部规范化中药药理实验室和1个省级重点实验室。近年来，共完成科技成果鉴定103项，其中40项达国内领先水平，17项达国际先进水平，55项获各级科技进步奖，其中有3项科研成果获国家科技进步奖，另有一大批科技成果转化为现实生产力，为地方经济建设和发展作出了重要贡献，受到来校视察的李岚清同志的充分肯定。目前，学校共承担政府资助课题200项，其中国家级课题9项。由学校牵头编篡并担任总审定的《中华本草》，是对我国几千年来中医药发展成就的系统总结，被李鹏同志誉为"当代《本草纲目》"。
南京中医药大学早在1956年就已接受外国留学生，现已为世界90多个国家和地区培养了4000余名中医药人才，国际影响较大。1994年学校与澳大利亚墨尔本皇家理工大合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作开展中医学历教育之先河。此外，南京中医药大学还与澳门科技大学合作开办了中医学院。目前学校与世界五大洲90多个国家和地区有广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系.美国唐氏工业基金会及香港朱敬文教育基金会在学校设立了奖、助学金。
南京中医药大学现有附属医院4所，总病床近2000张，附属制药厂1个，教学医院14所，教学及毕业实习基地98个。校图书馆为中国中医药文献检索中心分中心，藏有中外文期刊2000多种。初具规模的仙林校区，占地1500余亩，计划建筑面积32万m2, 最终将建成生态型、数字化、园林化新型大学园区。
面对加入WTO后的机遇和挑战，南京中医药大学全体师生医护员工正以高昂的工作热情和忘我的敬业精神，以继承为基础，发扬为先导，积极借助现代科技手段，为把学校建成医、管、理、工、经、法、文多学科协调发展的"国际著名，国内一流"中医药大学而努力奋斗!
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