东南大学在创建高水平研究型大学过程中，按照“精炼课堂教学，强化实践教学，活化课外研学，丰富网络助学”的思路，着力构建“理论教学、实践教学、自主研学、网络助学”四位一体的教学体系，加快推进教学模式从传统的知识传授型教学向研究型教学的转变，努力建立以学生为中心、以教师为主导的新型人才培养模式，促进了创新型人才培养。学校培养出了以“学生发明家”戴戈等为代表的优秀人才，学生科技创新作品已两次获得“挑战杯”。
在理论教学方面，学校鼓励和支持教师引入学科前沿，更新教学内容，采用发现式、案例式、研讨式、师生互动式课堂教学，引发学生求知兴趣，激活学生创新思维。在实践教学方面，构建包括普适基本要求、学科基础实验、综合实践训练等三大层次的实验（实践）课程体系，积极开设综合性、设计性、研究创新性实验，开设基于学科综合的实验研讨课，不断扩大实验教学开放度，提高学生实践能力，发挥学生创造潜能。在自主研学方面，设立专项基金，建立院（系）级、校级、部省级等三个层次的大学生科研训练体系，设置课外学分，获得课外研学学分的途径共六种：参加学校或院系的科研训练（SRTP）、学科竞赛、研学作品、发表论文、听科技学术报告写学习心得等，为学生自主研学、取得各种创造性成果搭建了宽阔的舞台。在网络助学方面，建设了较为完善的网络助学综合系统，英语、计算机、物理、电工电子实验等一大批课程教学资源和“人文讲堂”等文化素质教育资源上载教学网，课程中心300门课程面向学生开放，这些课程分别实现了网上布置作业、网上讨论答疑、网上测试等功能，教学的时空范围得到拓展，为学生自主学习提供了有力的支撑。
