根据沪文管发[2008]349号文，上海水产大学鲸馆经上海市文物管理委员会同意，正式更名为上海海洋大学博物馆。在校领导的关心、支持下，上海水产大学鲸馆自成立以来，已累计接待十万余名海内外参观者，社会影响日益扩大，有效发挥了上海水生生物科普教育基地的功能，为发展上海科普事业，传承民族文化，塑造学校形象作出了贡献。2005年水产大学鲸馆被上海市科教党委批准列为上海高校民族文化博物馆之一。
因5月6日上海水产大学正式更名为上海海洋大学，“上海水产大学鲸馆”名称已不适用。同时，为便于内涵发展需要，经主管校领导同意，报请上海市文物管理委员会批准，上海水产大学鲸馆更名为上海海洋大学博物馆，下设鲸馆、上海水生生物科技馆等。
