近年来，武汉大学积极推进研究生教育制度改革，不断创新研究生培养机制体制，通过经费改革、学制改革、招生改革和培养模式改革，学校在人才培养、社会服务等方面取得了新的拓展，整体实力明显增强，实现了历史性的跨越式发展。
——经费改革：让“奖学金”真正“奖学”。学校以研究生奖学金政策为突破口，废除了以往研究生通过入学考试“一考定终身”而取得固定奖学金资格的做法，改为第一年以考试成绩为依据，其他年度以研究生当年的综合表现来确定“浮动”奖学金的评定方式。鼓励大家公平竞争、刻苦攻读、勤奋向学，真正实现了“奖学金”对研究生的激励功能。博士生是经费改革的最大受益者。改革前，学校全日制博士生每月生活补助400元，维持基本的日常生活尚有问题，在外兼职的博士生大有人在。改革后，除定向、委培生之外，学校80%的全日制硕士研究生和100%的全日制博士研究生都能够得到每年6000-16000元不等的基本奖学金;85%的全日制硕士研究生和100%的全日制博士研究生还能得到每年3000-10000元不等的助学金资助。此外，符合条件的研究生还可以获得相当数额的优秀奖学金和各种专项奖学金的资助。
——学制改革：推行“两年制”为基础的研究生弹性学制。2004年，学校正式推行以两年制为基础的硕士研究生弹性学制，将硕士研究生学制由3年缩短为2年，学生可以根据实际需要申请提前或推迟结束硕士研究生阶段的学习。2008年，在坚持“两年制”的基础上，学校又在全国首推“1+4”硕博连读方案，即每年甄选一批优秀的硕士研究生，用1年时间完成对所有硕士课程的学习，余下4年转入博士阶段。“1+4”硕博连读是学校提高学术性人才培养质量的一项重要举措，它将硕士和博士阶段合二为一，通盘考虑培养方案和课程体系，减少不必要的重复，使博士生有更多的时间进行学习和从事科学研究。2006年，第一届“两年制”硕士毕业。当年被中国银行录用的5名毕业生的能力和表现受到了用人单位的充分肯定。
——招生改革：变“取分”为“取才”。学校规定：所有推荐免试的学生均可享受每年1.1万元的基本奖学金;国内高水平大学的“推免生”成绩排名在原校本专业前4%者可享受特别奖励;优先推荐“推免生”进行国际联合培养和硕博连读;打破以往不接受调剂生的惯例，特别接受调剂复试。在研究生招录过程中，学校赋予导师更多的发言权，复试成绩在考生总成绩中的权重最高可达50%;导师可以推荐具备特殊素质的“偏才”和“怪才”，也可以直接拒绝综合素质不过硬的学生。2007年,学校在全国高校中首创“研究生招生宣传日”活动，邀请知名学者与教授以自身的成长经历，向报考人员介绍学校办学特色及成绩，回答报考过程中的疑问，受到了考生的欢迎。学校还适时调整了研究生培养思路：进一步稳定学术型和全日制研究生招生规模，扩大专业学位研究生和非全日制研究生招生规模;按二级学科或一级学科统一设置研究生入学考试科目;各培养单位自主划定硕士生入学考试复试分数线等。
——培养模式改革：实现人才与市场“兼容”。学校将培养目标从原有的单一学术型向以应用型为主转变;加强研究生课程与教材改革力度，对研究生开设按一级学科设计的6～8门通开课;增加知名教授对研究生上课的次数，强调对研究生的思维训练和方法熏陶，提高授课质量，强化实践训练;积极搭建跨学科研究生培养平台，先后组建了中国边界研究院、国际问题研究院等跨学科研究机构，大力推进跨学科人才的培养。学校还废除了导师终身制，建立起导师动态评估制度，“三无”(无经费、无课题、无成果)导师及其他在审核中被认定不合格的导师只能“下岗待业”;有重大科研项目或学术研究能力强的副教授经严格评审后，可以直接走上博导岗位;实行复合导师制，邀请重点企业的高层管理人员和政府部门高级官员担任研究生的校外导师，提升研究生的实践经验，提前实现在校研究生与社会的对接。
