20年前，西藏藏医学院办学条件十分简陋，只有1栋教学楼和1栋行政楼，没有任何现代化的教学设施，也没有先进的实验设备，更没有信息化的图书馆。20年后，在党和政府的亲切关怀下，在社会各界的大力援助下，学院不仅拥有了传统与现代交相辉映的实验标本中心、藏书丰富的图书网络中心，还拥有独具特色的藏医药天文星算博物馆等一大批特色教学设施，学院的教学设施日臻完善。
随着藏医药高等教育迈入新时期，西藏藏医学院积极探索传统与现代相结合实验室的建设。2003年以来，国家、自治区和学院先后投资1800多万元建设了4个省部级以上科研平台(藏医学基础实验室、藏药学基础实验室、藏医药重点实验室和藏医药与高原生物重点实验室)和4个中央与地方共建高校特色优势学科实验室(藏药新药实验室、藏医临床实验室、藏药种植实验室和传统藏药炮制工艺实验室)。实验室的建成有力地推动了藏医学院教学与科研的发展，这些特色实验室建成后，学院先后承担了“863”、“973”、国家自然基金等20多项国家级和自治区级的科研项目，尤其是传统藏药炮制工艺实验室所承担的“藏医水银提炼法”和“藏药仁青常觉配伍技艺”项目更是被国务院批准为非物质文化保护遗产。
藏书41786卷(册)，其中藏医药学古籍资料4970卷;珍藏有公元7至17世纪的藏医药学和天文历算学手抄本以及记载水银提炼法的木刻版本;传统藏医药教学彩色唐卡81幅;收藏有措如·才朗教授编撰的《四部医典》全套录像光盘和声明学全套录像光盘。这些都是西藏藏医学院图书网络中心令人惊叹的地方。2005年以来，教育部投资450万元加快了藏医学院的网络化建设，后又陆续建成了现代数字化图书馆、电子阅览室，完善了自动化信息网络技术，为帮助西藏从事藏医药学习的莘莘学子扩大视野、提高综合素质提供了重要平台。
2003年，西藏藏医学院的藏医药天文星算博物馆开始筹建。经过多年的努力，博物馆已初具规模。不仅搜集和整理了《四部医典》的各类版本和《蓝琉璃》等十几部藏医古籍文献资料;复制完成了50多种藏医外科器械和80幅藏医彩色系列挂图，还用金汁刻写了《四部医典》、《时轮本注》等十几部古籍;绘制了藏医药史和天文星算史各100多幅唐卡;制作完成了藏医药始祖玉妥·云丹贡布等九尊大型镏金铜制塑像和现代著名藏医药学家措如·才朗等七尊小型人物塑像。丰富的馆藏已成为藏医药高等教育的重要补充。
近年来，西藏藏医学院还完成了数字化教室、语音室、多媒体教室等多项基础设施的建设，为实现学院教学工作的现代化、信息化和数字化提供了重要保障。
