新疆维吾尔医学专科学校是以继承、挖掘、提高和弘扬维吾尔医学，培养维吾尔医药学高素质专门人才为已任的全国唯一的一所维吾尔医药学高等学府。按照1984年在呼和浩特召开的全国第二次民族医药工作会议精神，决定成立新疆维吾尔医学高等专科学校，1984年9月经新疆维吾尔自治区人民政府批准，通过国家中医药管理局、自治区卫生厅在财力、人力、物力方面的大力支持，学校的筹建工作得以顺利开展，学校1987年起招生，1989年经国家教委正式批准成立。校址在我国西部边陲新疆和田市。学校的成立实现了维吾尔医药学教育从传统的师带徒方式向正规的现代教育方式的转变。
学校现开设有维吾尔医学、维吾尔药学和维吾尔医高级护理三个专业。教育层次有普通大专、成人大专和成人本科，均用维吾尔语授课。建校以来，共招收了17届2779名学生，已有1337人毕业走向社会，在全疆各地维吾尔医药、教学、科研机构工作。学校现有来自全疆各地的维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、乌孜别克、塔吉克、塔塔尔等民族的学生1380人。
学校设有维吾尔医疗系、维吾尔药学系、医学基础部和成人教育部等四个教学中层机构，下设维吾尔医基础教研室、维吾尔医药剂教研室、解剖教研室、化学教研室等17个教研室，五个标本室、一个电化教育中心。
目前学校的占地面积为67266平方米，固定资产总值达3000多万元，校舍面积为31800平方米，建设有教学楼、实验楼、图书馆、学生宿舍、学生食堂、教职工宿舍、直属医院、直属药厂等配套设施。
学校现有教职工132人，其中专职教师69人，专职教师中高级职称有8人，中级职称有32人,已形成能胜任维医药专业教学任务的、有较高专业水平、授课艺术和科研能力的师资队伍。
学校现有维吾尔医药剂实验中心等7个实验中心，维医生药标本室等5个标本室。其中化学实验室和维医药剂学实验室参加自治区教育厅的评估，顺利通过了验收。
学校现有临床教学基地为学校直属医院和我校附属医院（和田地区维吾尔医院）。此外自治区维吾尔医院、喀什地区维吾尔医院、吐鲁番地区维吾尔医院是我校教学实习医院。
学校制定为期一年的汉语预科制度，并对部分基础课试行“双语”授课，建立有58个座位的语音室，投入7万元，配备了HSK考试设备，为学生学习语言创造条件。自治区HSK办公室根据我校的设备条件，授予了国家汉语水平考试考点资格。
学校有2座多媒体教室、2座网络机房，各教学基层科室配备计算机，建立了校园局域网，教育技术手段的现代化和信息化程度较高。2003年自治区教育厅进行的高校计算机基础教育评估中，学校顺利通过了验收。同时被自治区人事厅授予公务员计算机基础知识培训点资格。
学校现有1 座图书馆，能藏书30万册，现有藏书6万册。此外收集了一批维吾尔医古籍文献，现学校已开始古籍文献的翻译、整理出版工作。
学校大力开展学科建设和精品课程建设，制定了维吾尔医基础理论和维吾尔医内科学为第一步开展的重点学科项目，组织人员开展了系统的研究。同时抓好科研工作，完成了一个自治区级科研项目，申请了五个国家级项目，同时设立校级科研项目，开展了教学研究、维医基础理论研究、临床研究和药学研究，充分利用现代科技，积极探索治疗疑难杂症的诊疗技术，改进传统维药剂型、提高疗效，取得了阶段性的成果。学校高质量地出版了《新疆维吾尔医学高等专科学校学报》，为自治区维吾尔医药专业技术人员交流科研成果提供了舞台。
学校重视科研成果的转化，1992年成立了一个校办企业— 新疆新维制药厂，把研制出的维吾尔药品进行批量生产，创造了良好的经济效益和社会效益。随着生产规模的不断扩大，于1999年扩建了学校药厂，建立了现代化的药厂，现制药厂年生产规模为15万盒，年产值达到300万元。主要生产的药品有“爱维心口服液”，“劲拨口服液”“消喉乐口服液”“迪娜尔口服液”，其中“爱维心口服液”获新卫药准字批准文号，载入国家卫生部《部颁标准》，2002年获得了国药准字批准文号。
学校设置有国家奖学金和学校奖学金。学校为帮助家庭有经济困难的学生，利用发放特困生补助金，减免学费，办理国家助学贷款等形式，保证学生安心地完成学业。
