福建医科大学创建于1937年，前身是福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1996年4月改为现名。经过六十多年的发展，福建医科大学已成为一所具有学士——硕士——博士——博士后完整的人才培养体系，逐渐形成了“勤奋、严谨、求实、创新”的优良校风。
目前，学校设有11个学院、4个系，医学、管理学、理学、工学等学科门类的1个七年制专业、12个本科专业、10个高职专业，有1个博士后科研流动站，2个博士点、37个硕士点，各级各类在籍生8000多人。学校是授予临床医学硕士专业学位试点单位和在职以同等学力申请硕士学位授权单位，可招收外国留学生和港澳台学生。
学校有综合性附属医院3所，均为三级甲等医院；附属口腔医院1所。非行政隶属附属医院1所，专业教学基地3个，教学医院24所，实习医院16所。校图书馆藏书27万余册，期刊5000种，是福建省医学图书中心馆，开通电子书刊阅览室和医学文献检索系统。
现有教职医护员工4600多人。在聘教师中，正副教授330多人，正副主任医师420多人，博士生和硕士生导师320多人。有国家有突出贡献专家4人，国家“百千万人才工程”人选2人，享受政府特殊津贴专家93人，福建省“百千万工程人才”人选37人，福建省有突出贡献专家17人。
学校有国家药品临床研究基地等47个科研机构，福建省“211工程”重点学科2个，省教育厅重点学科3个，省科技厅优先发展学科8个，省医学重点专科6个，省领先医疗特色专业5个，省教育厅重点实验室4个，承担着大量的科研任务，研究成果显著。近10年来，通过鉴定的科研成果近500项，获各级各类科技成果奖350多项，其中有14项达国际先进水平，149项达国内先进水平。在蛇毒研究、血液病学、高血压病、肿瘤分子生物学、感染和免疫分子生物学以及神经分子生物学等方面，形成了自己的特色和优势，取得了可喜的成果，每年科研成果获省科技进步奖项目都占全省卫生系统的一半左右。1998年全校发表的科技论文在全国100多所高等医学院校中居第27位，全校被SCI收录的论文在中国医学领域论文排序第20位，被CSCD收录的论文在医学类高校论文排序第22位。学校研制的“蕲蛇酶”注射液，是目前国内第一种蛇毒抗血栓制剂。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报》（社科版）、《高血压杂志》、《心血管康复医学杂志》，面向国内外公开发行。
学校积极开展对外交流，加强国际间学术、教学和科技合作。近几年已派出240多名教师、医师赴美、英等20多个国家和地区考察、讲学、进修，同时，还接受了300多名外国及港、澳、台地区的专家、学者来校访问、讲学、科研及其他学术活动。与日本、瑞典、丹麦、芬兰、澳大利亚、加拿大等国家多所医学院校建立了协作关系。
跨入新世纪后，我校进一步深化改革，加快发展，为把学校建成福建省高级医药卫生人才主要培养基地、医学科研中心和医疗服务中心，跻身于国内省属同类高校的先进行列而奋斗。
