新疆医科大学是1998年4月经国家教育部批准，由原新疆医学院与新疆中医学院合并，于同年9月10日正式挂牌成立的。江泽民同志亲自为新疆医科大学题写了校名。新疆中医学院的前身是建于1961年的中医学校，1986年升格为中医学院。原新疆医学院始建于1954年，1956年建成招生，为前苏联援助我国第一个五年计划156个重点项目之一。
全校占地总面积2696亩，其中校本部占地面积2031.3亩(教学区360.1亩，家属区183.5亩，鲤鱼山1450亩，明园校区22.5亩，高职学院校区15.2亩 )，各附院占地面积664.3亩（第五附属医院63.4亩）。全校建筑总面积71.55万平方米，其中校本部建筑面积27.96万平方米，生均教学行政用房10.55平方米，较国家教育部要求的生均16方米的标准还差5.45平方米。全校固定资产从1998年的4.73亿元上升到现在的11.76亿元，其中校本部由1998年的1.56亿元上升到现在的4.5亿元。教学行政用房面积108620平方米。自1998年新疆医科大学挂牌成立以来，学校的办学层次、水平、规模、质量、效益等各方面都有了很大提高。
目前全校各类在校学生由1998年的6375人上升到2004年3月17216人。其中,博士、硕士研究生739名(其中民族126名)，占我校在校生总数的4.29％。七年制研究生教育专业学生336名，研究生与本科生之比达到1：6.3，在自治区各高校中，在校生博士、硕士研究生总数居第二位，与普通在校本专科生之比，在自治区各高校中居第于首位；普通本、专科生7217名(其中民族4050名，本科4674名，专科2543名)；成人本专科生7399名，中专生1375名(其中民族782名)。师生比由1998年的1：4.7，上升到今年的 1：14。外国留学生招生工作逐年扩大，已从2001年的47人扩大到2003年的160余人，西医类留学生教学采用英语授课。近几年来，我校招生生源情况一直较好，七年制及本科第一志愿上线率逐年上升，2003年分别为304%和148%，在自治区高校中位居前列。
学校拥有一级学科博士后流动站3个；博士学位点3个；一级学科专业硕士学位点2个，二级学科硕士学位点35个；涵盖临床医学、公共卫生学、药学、中医学、基础医学的三级学科硕士学位点40多个；为在职人员申请硕士学位授予权单位。拥有自治区级重点学科5个（内科学、外科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学、生物化学与分子生物学）；拥有自治区级重点实验室2个（分子生物学实验室、包虫病实验室），自治区级研究所（中心）8个。有附属医院5个，教学医院13个，教学实习基地40余所。
学校现有教职工6285名，其中具有高级专业技术职务人员862人，占教职工总人数的13.72%。校本部有教职工1501人。全校有基础教师587人临床教师610人，1197名教师中，副高及以上450人，占37.6％，硕士及以上学历266人，占22.2％。有博士生导师35名，硕士生导师289名。博士生导师、硕士生导师占专兼职教师总数的27.07％，在自治区各高校中，博导总数位居前列；比例位居全疆前列。有实验教学人员62人。全校有43名专家享受国家政府特殊津贴，16位同志被授予自治区有突出贡献的优秀专家称号。今年自治区评选了20名优秀青年科技工作者，高校6名，医科大学占了3名。
学校在深化教学改革中启动了“151”课程建设工程，实行了民汉同卷、教考分离，先后投入46万元，建立了三批题库，覆盖了150多门主干课程和支持课程。坚持严进严出，2003年普通本科毕业生毕业率为86.58%，(下半年补考后达到96.2%)，学位获得率77.75% ，普通专科毕业率为86.7％，成人本科毕业率87%，成人专科毕业率82%（以上均为首次通过率）。七年制本硕连读学生实行末位淘汰制（每年按2%比例淘汰末位）。积极采用多媒体教学，多媒体授课率达到10.64％。预科汉语教学改革成绩显著，在2002年全国HSK考试，我校民族学生HSK四级过线率为96.77%，六级过线率为83.57%。在2003年全国HSK考试中，全校平均四级通过率为99.09%，六级通过率为95.04%，64人参加HSK高等考试63人通过九级，成绩在自治区高校中较领先。先后贷款8000余万元，用于改善教学条件和实验室建设。
2003年我校共有本专科毕业生994名，本科毕业生就业率为87.13%；专科毕业生就业率为77.31%。其中口腔医学、护理、医学美容、健康保险、药品营销等专业的毕业生全部就业。
五所附属医院均为国家三级甲等医院，总床位数3791张，年门诊量达172万人次，年住院7万多人次，年手术量达2.3万余台次。现开展的肝移植、试管婴儿、冠脉搭桥、骨髓移植、PTCA等多项医疗技术都达到了国内先进水平。
1998年以来，全校共获科研项目86项，申请经费571万元；其中国家级11项，申请经费294万元；共获各级科研成果奖励40项，其中部(委)级1项；自治区级39项。当前正在进行的科研项目有72项，总经费506万元；其中横向科技合作项目16项，合同金额370.8万元。2002年度，自治区所有获奖99项科技进步奖中，我校就占10项，占全区高校获奖15项的66%。2002年自治区第七届自然科学优秀论文218篇，我校23篇，占10.55％。2003年自治区科技进步奖，全疆高校和卫生系统共获22项成果，其中高校获12项，我校占7项，位居榜首。我校最近与哈佛大学国际医学中心合作建立心血管研究所，协助建立中亚心血管治疗中心等项目签订了合作协议。
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